Nu a îndrăznit să treacă prin punctele de control ale rușilor, căci îi era teamă că nu i-ar putea fi luat pașaportul. Drept urmare, și-a trimis fiica de 10 ani, împreună cu fosta sa soție, cetățeană a Ucrainei, într-un loc sigur, în timp ce el însuși a rămas la Herson.
Știind că autoritățile ruse și mass-media au prezentat Statele Unite și aliații săi drept oponenții lor în război, Morales a decis că ar putea fi arestat pur și simplu pentru că este american.
În următoarele luni, profesorul a locuit în apartamentul său, aproape că nu a părăsit casa. Mâncarea i-a fost adusă de rudele fostei sale soții. A îndrăznit să iasă afară din curte abia după două luni, dar a făcut-o rar și doar la cel mai apropiat magazin unde lucra o adolescentă în care avea încredere.
Viața retrasă a profesorului a continuat până în toamnă, când armata rusă a venit în curtea casei sale. Morales a reușit să se ascundă de ei în apartamentul său, dar în scurt timp au sosit ofițerii FSB și nu a avut de ales decât să le deschidă ușa.
Morales a spus că a reușit să-i convingă pe oficialii de securitate că era irlandez și că îl cheamă Timothy Joseph. În aceasta, în special, a fost ajutat de un vecin în vârstă care a confirmat această informație. Ulterior, el le-a spus reporterilor că a reușit să iasă din această situație doar pentru că ofițerii FSB „s-au dovedit a nu fi cei mai deștepți oameni din lume”.
Ceea ce s-a întâmplat l-a speriat foarte tare pe profesor. „Dacă înainte eram doar precaut, apoi am devenit paranoic”, a spus el. Dându-și seama că FSB-ul se poate întoarce în orice moment, s-a mutat în apartamentul fostei sale soții. Nu s-a întors acasă până când orașul a fost eliberat de armata ucraineană.
În noua locație, și-a petrecut cea mai mare parte a timpului urmărind filme pe care a reușit să le descarce pe laptop înainte de începerea războiului. Ulterior a reușit să-și reia lecțiile de engleză online. Nu putea fi plătit pentru asta, dar, potrivit lui, cursurile l-au ajutat să-și păstreze sănătatea mintală.
Morales a devenit din nou îngrijorat că ar putea fi descoperit atunci când un angajat al guvernului de ocupație s-a mutat într-o casă vecină, dar cu timpul această teamă a dispărut. Potrivit The New York Times, la un moment dat a devenit evident pentru locuitorii din Herson că armata rusă se destramă: disciplina slăbise, armata a început să pară mai dezordonată, au început să se deplaseze prin oraș cu mașini furate.
În octombrie, Morales a observat că armata rusă a început să scoată mașinile furate din Herson. Acest lucru, spune el, i-a dat speranță. Cu o săptămână înainte de eliberarea orașului, a trăit fără internet, pentru că curentul electric era întrerupt în oraș, dar pe 11 noiembrie a văzut o mașină mergând pe stradă cu un steagul ucrainean legat de antenă. „Atunci mi-am dat seama că rușii plecaseră”, a spus el.
În aceeași zi, Morales a mers în piața principală din Herson, unde s-a alăturat sărbătorii, întâmpinându-i pe soldații ucraineni care au intrat în oraș fără luptă. „Au fost momente de disperare, dar știam că această zi va veni”, a spus Morales reporterilor câteva zile mai târziu, plimbându-se prin aceeași piață cu panglici albastre și galbene legate de jachetă.
The New York Times scrie că acum că Ucraina a eliberat orașul, Morales plănuiește să părăsească Hersonul. „Am nevoie de puțină distanță între mine și ceea ce s-a întâmplat aici”, a explicat el.