Victimele se numărau printre cei 16 rezidenţi ai clădirii de lemn din oraşul Sapporo, pe insula Hokkaido, a transmis agenţia Kyodo News.
Alte cinci persoane, dintre care trei au suferit răni uşoare, au fost salvate de pompieri, a arătat televiziunea NHK.
Imaginile de televiziune au arătat centrul de trei etaje cuprins de flăcări puternice.
Incendiul a izbucnit în jurul miezului nopţii, la ora 11,40 (14,40 GMT), într-o zonă rezidenţială situată la 1,5 km nord de gara din Sapporo.
Poliţia încerca să identifice victimele, iar cauza incendiului se află în curs de investigare.
Centrul era condus de o organizaţie locală care sprijină persoanele sărace şi fără adăpost.