Critica principală adusă de Comisia Europeană vizează traseul stabilit în proiect, de ce punctul de plecare nu este la staţia Piaţa Victoriei şi s-a ales ruta ocolitoare de la staţia existentă 1 Mai, ce trece pe la Romexpo. De altfel, traseul ales pentru linia de metrou ce va lega Bucureştiul de Otopeni a ridicat un mare semn de întrebare de la început.
Un alt aspect la care a făcut referire Comisia Europeană este subestimarea investiţiei pentru construcţia acestei linii de metrou până la Otopeni, dar şi supraestimarea traficului de pasageri. Valoarea investiţiei în linia de metrou ce va lega Capitala de aeroportul Otopeni este de aproximativ 1,3 miliarde de euro (cu TVA inclus), potrivit autorităţilor locale.
Proiectul Magistralei 6 de metrou prevede un traseu de 14,2 km şi cuprinde 12 staţii, ar urma să asigure capacitatea de transport.