Avionul decolase din Atena cu destinația New York. Acesta s-a întors la aproximativ 45 de minute după ce a decolat, însoțit de două avioane de vânătoare F-16 ale forțelor aeriene grecești.
Pasagerii au fost informați că este vorba despre o problemă tehnică, însă au fost rugați să coboare cu tot cu bagaje, o practică neobișnuită în astfel de cazuri. Zborul a fost verificat de membri ai Serviciului grec de Antiterorism. Avertismentul a venit chiar din partea CIA, susține presa grecească.
Cu puțin timp înainte de întoarcerea avionului, o altă aeronavă Emirates, cu destinația Dubai, a fost verificată pe aeroportul din Atena înainte de a decola. Autoritățile nu au identificat nicio persoană suspectă, iar avionul a plecat după o întârziere de aproape cinci ore.