Geocentrismul
Ideea că Soarele orbitează în jurul Pământului, şi nu invers, a fost poziţia adoptată de Biserică, în Evul Mediu, iar Biblia părea a susţine această ipoteză. Deşi părea logic, Pământul pare a fi solid şi cerurile se mişcă, o mai atentă observare a cerului a ridicat probleme serioase. Stelele călătoare (acum cunoscute ca fiind planete) păreau a-şi schimba direcţia, mergând înapoi în loc să aibă o orbită constantă.
Copernicus şi Galileo, folosindu-se de telescoape, au sugerat că Pământul se roteşte de fapt în jurul Soarelui. Biserica s-a înfuriat şi l-a condamnat pe Galileo la arest la domiciliu, pe viaţă, sub suspiciunea de erezie. În 1835, în faţa dovezilor copleşitoare, Biserica a renunţat la opoziţia faţă de heliocentrism, iar în 1992, Papa Iona Paul al II-lea a emis scuze publice pentru tratament. Acum sunt planuri pentru construirea unei statui a lui Galileo în interiorul Vaticanului.
Vârsta Universului
Deşi în Biblie nu este specificată vârsta Pământului, mai mulţi cărturari ai Bibliei au încercat să o deducă folosindu-se de vârstele personajelor şi diverse date istorice. Această abordare prezintă mai multe probleme, cronologia devenind confuză după Regele Solomon, fapt care nu a oprit mai mulţi oameni de ştiinţă să avanseze date. Johannes Kepler credea că lumea a fost creată în 3992 î.e.n, iar Sir Isaac Newton a avansat data de 4000 î.e.n.
Datarea cu carbon a unor mostre de rocă, extrase de la mare adâncime, a arătat că Pământul are o vârstă de 4.54 miliarde de ani. Folosind telescoape puternice, precum Hubble, oamenii de ştiinţă au determinat, prin observarea unor galaxii la 13 miliarde de ani lumină, că vârsta Universului este de circa 13,7 miliarde de ani.
Creaţia şi evoluţia
În 1859, lucrarea lui Charles Darwin, "On the Origin of Species", a provocat cea mai mare ruptură între Biserică şi ştiinţă, după Galileo. Ideea că omul nu era creat în imaginea lui Dumnezeu, ci că a evoluat din maimuţe, a oripilat mulţi creştini. Deşi nu tot clerul era împotriva teoriei evoluţiei, o parte era furioasă. Într-o dezbatere celebră de la Muzeul Universităţii Oxford, Episcopul de Oxford, Samuel Wilberforce l-a întrebat pe apărătorul lui Darwin din care parte a familiei sunt maimuţele, ale mamei sau ale tatălui.
În mod surprinzător, disputa între cele două tabere continuă şi în ziua de astăzi, chiar dacă există dovezi clare ale evoluţiei şi sunt foarte puţini biologi care se opun celebrei teorii. O parte dintre creştini, cei care cred că Dumnezeu a creat lumea aşa cum este descris în Geneză, au pornit un curent nou numit Creaţionism sau "Intelligent Design" şi fac lobby puternic, cel puţin în Statele Unite, pentru introducerea teoriei lor în şcoli, împreună cu teoria evoluţie. Biserica Anglie a emis scuze oficiale, în 2008, spunând că s-a opus prea tare când a fost publicată cartea lui Darwin.
Noe, potopul şi fosilele
La începutul secolului al XIX-lea o tânără, numită Mary Anning, a descoperit o creatură ciudată într-o rocă din Dorset, Anglia. Era o fosilă de ichthyosaur, o reptilă marină care a trăit în perioada dinozaurilor. Descoperirea fosilelor a început să ia avânt şi în curând au fost găsite de fosile, în Marea Britanie, Statele Unite şi restul lumii. Faptul că multe dintre creaturile identificate nu păreau să mai existe pe Pământ ridica o problemă legată de învăţăturile Bibliei, şi anume că Dumenzeu, prin Noe, a salvat toate animalele de marele Potop.
Cuplată cu o altă credinţă, aceea că Dumnezeu a dat lui Adam control asupra tuturor creaturilor care se mişcă pe Pământ, se credea că este imposibil ca o specie să dispară. Descoperirea lui Mary şi argumentele lui Georges Cuvier şi al altor oameni de ştiinţă, a invalidat poziţia Bisericii.
