Tratatul de la Lisabona aduce modificări importante. Uniunea Europeană nu va mai avea preşedinţie rotativă, ci un preşedinte ales pentru doi ani şi jumătate. În locul comisarului pe politică externă şi al înaltului reprezentat al Comisiei va exista un singur şef al diplomaţiei europene, un fel de ministru de externe al Uniunii, care va deţine şi funcţia de vicepreşedinte al Comisiei Europene.
Iniţial, Comisia a prevăzut reducerea numărului membrilor săi, odată cu extinderea UE, dar, pentru a-i convinge pe irlandezi să organizeze un nou referendum asupra Tratatului de la Lisabona, Bruxelles-ul a decis în final că fiecare stat membru îşi va păstra comisarul în Executivul european.
Noul Tratat elimină posibilitatea veto-ului naţional, prin introducerea deciziilor cu majoritatea calificată în aproximativ 40 de domenii. Britanicii şi irlandezii au obţinut însă dreptul de a aplica deciziile în aceste domenii doar atunci când consideră că este cazul, fără a-i împiedica pe alţii să le aplice. Unanimitatea rămâne însă regula pentru deciziile în privinţa politicii externe, fiscalităţii, politicii sociale sau revizuirea tratatelor.
Noul sistem de vot prevede că o decizie trebuie să obţină susţinerea a 55% dintre statele care reprezintă 65% din populaţia UE, al căror număr a ajuns în prezent la 15 dintre cele 27 de ţări membre UE. Aplicarea acestui sistem a fost însă amânată pentru 2017, după un compromis cu Polonia.
Tratatul de la Lisabona prevede înfiinţarea unui mecanism popular, potrivit căruia un text semnat de un milion de cetăţeni poate face Comisia Europeană să prezinte o propunere legislativă. Documentul introduce şi posibilitatea ca o ţară să părăsească Uniunea, dar condiţiile urmează să fie negociate cu statele partenere.