Preşedintele Băsescu a semnat, în 19 martie, decretul privind revocarea lui Dan Voinea din funcţia de procuror-şef adjunct al Secţiei Parchetelor Militare din cadrul Parchetului de pe lângă Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie, după ce Secţia pentru procurori a CSM şi-a dat avizul pe 12 martie.
După decizia CSM, Dan Voinea a anunţat că îşi va depune la consiliu cererea de pensionare. Între timp, el a contestat la CSM avizul de revocare.
Procurorul general Laura Codruţa Kovesi i-a trimis, pe 27 octombrie 2008, ministrului Justiţiei Cătălin Predoiu cererea de revocare a adjunctului Secţiei Parchetelor Militare Dan Voinea, cel care s-a ocupat de dosarele Revoluţiei şi Mineriadei, motivând că, deşi au fost multe delegări ale unor procurori din teritoriu la structura centrală, Secţia Parchetelor Militare a rezolvat anul trecut doar trei rechizitorii. Dosarele au fost lucrate de peste zece procurori.
Potrivit lui Kovesi, inspecţia judiciară nu a consemnat mai multe aspecte sesizate şi anume tergiversarea dosarelor Revoluţiei şi Mineriadelor, precum şi o rezoluţie de începere a urmăririi penale care nu a fost trecută în registru. Procurorul general a mai spus că dosarul Mineriadei, în care a fost cercetat Ion Iliescu pentru moartea şi rănirea unor persoane în 13-15 iunie, ar fi stat 7 luni în nelucrare, înainte de a fi declinat procurorilor civili. În opinia procurorului general, vinovate pentru aceste nereguli ar fi fost conducerile care s-au succedat la şefia Secţiei Parchetelor Militare.
Secţia de procurori a Consiliului Superior al Magistraturii şi-a însuşit, pe 23 octombrie 2008, cu majoritate de voturi, raportul de control la Secţia Parchetelor Militare, verificările fiind cerute de procurorul general, după ce a dispus infirmarea rezoluţiei de începere a urmăririi penale pentru Ion Iliescu.
Kovesi a susţinut că procurorul militar Dan Voinea i-a prezentat lui Ion Iliescu o altă învinuire decât cea pentru care a început urmărirea penală. Ion Iliescu a fost pus sub învinuire, prin rezoluţia din 19 iunie 2007, sub acuzaţia că, la data de 13 iunie 1990, a determinat cu intenţie intervenţia în forţă a militarilor împotriva manifestanţilor din Piaţa Universităţii din Bucureşti şi din alte zone ale Capitalei, fapt ce a avut ca urmare moartea şi rănirea prin împuşcare a mai multor persoane. Între timp, în cazul său, procurorii civili au dat neînceperea urmăririi penale.
Dan Voinea a deţinut, între anii 1997 şi 2000, şefia Secţiei Parchetelor Militare. În aprilie 2006, Dan Voinea a fost numit în funcţia de procuror militar şef adjunct al Secţiei Parchetelor Militare.
