Ceku este căutat de justiţia sârbă pentru crime de război comise în Croaţia în timpul războiului de independenţă, dar şi în Kosovo, unde a fost unul dintre liderii gherilei albaneze în timpul conflictului din 1998-1999. La cererea Serbiei, el a fost plasat pe lista persoanelor căutate de Interpol.
Fostul premier urma să participe în Bulgaria la o întrevedere cu viceministrul bulgar al afacerilor externe şi cu alte personalităţi. Agim Ceku a fost prim-ministru în Kosovo din aprilie 2006 până în noiembrie 2007, chiar înainte de proclamarea independenţei fostei provincii sârbe.
