Lupta împotriva corupţiei şi problemele justiţiei a generat polemici între cei doi candidaţi la Preşedinţie, Mircea Geoană şi Traian Băsescu. Primul a spus că este necesar să se facă din justiţie un act mai accesibil şi mai rapid pentru justiţiabili şi să se investească în tribunale comerciale. Traian Băsescu a spus că lupta împotriva corupţiei a fost una din temele campaniei sale din 2004 şi că statistic se poate spune că în prezent sunt 20 de dosare de foşti miniştri şi parlamentari care sunt în instanţe, dar că victoria în lupta împotriva corupţiei, dincolo de faptul că s-a făcut ANI, a fost faptul că în mandatul său nu s-a mai auzit de nicio privatizare frauduloasă.
Băsescu a declarat, în cadrul dezbaterii de la Palatul Parlamentului, că nu o va numi pe judecătoarea Lidia Bărbulescu la şefia Înaltei Curţi de Casaţie şi Justiţie, iar Mircea Geoană a spus că nu îl interesează \"nume şi prenume\" şi că va \"da dreptul\" magistraţilor de a decide de cine doresc să fie reprezentaţi. \"Voi fi preşedintele care va asigura independenţa reală a justiţiei şi voi da celor care sunt magistraţii acestei ţări dreptul de a decide de cine doresc să fie reprezentaţi\", a răspuns Geoană la întrebarea dacă o va numi pe judecătoarea Lidia Bărbulescu, propusă de CSM, la Înalta Curte de Casaţie şi Justiţie.