Fognini și Pennetta au început o relație în 2014 și s-au căsătorit în 2016. În 2017, Flavia a născut un băiat, Federico.
„Eu și Flavia facem sex de 12-15 ori pe săptămână, cam de două ori pe zi. De 7-8 ori pe săptămână în timpul turneelor la care particip. Recomand sexul chiar înaintea unui meci. În privința poziției, sunt genul clasic„, a spus Fabio Fognini, într-un interviu pentru televiziunea italiană Mediaset.
Cunoscut drept un ‘bad boy’ în circuitul ATP, înainte de relația cu Pennetta, Fognini a recunoscut recent că prioritățile lui s-au schimbat și că vrea să petreacă tot mai mult timp alături de familie. Italianul a dat de înțeles că va mai juca tenis doar câțiva ani.