CS Universitatea Craiova a apărut în anul 2013, ca urmare a asocierii cu Primăria Craiova. De la formarea clubului, și-a disputat succesiunea cu echipa FC U Craiova 1948, controlată de către Adrian Mititelu, care a fost dezafiliată de Federația Română de Fotbal în 2011.
Ambele cluburi revendică în instanță palmaresul istoric al ‘Științei’ din perioada 1948 – 1991.
Fostul procuror DNA Doru Țuluș a instrumentat dosarul în care Adrian Mititelu l-a acuzat pe Mihai Rotaru, finanțatorul CS U Craiova, de șantaj.
În 2017, Țuluș a fost revocat din DNA, după ce s-a dovedit că şi-a vândut drepturile litigioase asupra unor restanţe salariale către omul de afaceri Mihai Rotaru, între cei doi existând o relație apropiată. Ulterior, Rotaru a fost implicat într-unul dintre dosarele ANRP şi a fost trimis în judecată.
