Printre cele mai importante și controversate modificări la legile Justiției este cea privind înființarea Secției de Investigare a Infracțiunilor din Justiție (SIIJ).
Comisia Europeană spune că înfiinţarea de către puterea PSD-ALDE a Secţiei pentru Investigarea Infracţiunilor din Justiţie (SIIJ) încalcă legislaţia europeană, mai exact, articolul 19 din Tratatul Uniunii Europene şi articolul 47 din Carta drepturilor fundamentale a Uniunii Europene, care consacră cerinţa de independenţă a instanţelor. Practic, CE spune că Secţia Specială nu prezintă garanţii de independenţă. Comisia enumeră efectele nocive ale înfiinţării SIIJ: efect inhibator asupra magistraţilor, aparenţa influenţelor şi presiunilor exterioare asupra instanţelor, afectarea încrederii cetăţenilor în Justiţie.
În schimb, CSM-ul condus de Lia Savonea a apărat SIIJ. În punctul de vedere trimis CJUE şi semnat de Savonea personal, fosta şefă CSM a combătut Mecansimul de coperare şi verificare (MCV) al Comisiei Europene şi a pus în discuție chiar competenţa CJUE de a se pronunţa dacă Decizia nr. 2006/928/CE (prin care a fost instituit MCV) „reprezintă sau nu un act adoptat de instituţiile, organele, oficiile sau agenţiile Uniunii, supusă astfel interpretării CJUE”.
