Rato, care a servit şi ca Ministru de Finanţe al Spaniei, a solicitat în 2012 o amnistie fiscală. Solicitarea sa era legală, dar publicaţia online Vozpopuli îl acuză că a spălat bani în afara Spaniei, înainte să-i declare. Operaţiunea ar fi avut loc în paradisuri fiscale din Gibraltar şi Insulele Virgine.
Anchetatorii au descoperit că Rato a beneficiat de o regularizare fiscală când au verificat o plată în valoare de şase milioane de euro pe care acesta a primit-o într-un cont offshore.
Fostul şef al FMI a refuzat să confirme dezvăluirile. Rato este vizat şi într-o altă anchetă privind perioada în care a fost preşedintele unei bănci de economii ce a dat faliment.