Numeroase bordeluri militare erau conduse de persoane particulare supervizate de oficialități ale armatei. Mai mulți istorici japonezi, folosindu-se de mărturiile unor femei de reconfortare, au afirmat că Armata Imperială Niponă și Marina Imperială Niponă au fost implicate atât direct cât și indirect în constrângerea, înșelarea, ademenirea și uneori răpirea unor femei tinere din teritoriile aflate sub controlul imperial.
Pe de altă parte, alți istorici japonezi consideră că nu există nicio dovadă credibilă care să implice Armata Imperială în actele de constrângere a femeilor. După părerea lor, răspunderea pentru relele tratamente aplicate femeilor cade în totalitate în sarcina patronilor de bordeluri, Armata fiind vinovată cel mult de o proastă supraveghere a stabilimentelor.
În ultimele luni ale războiului, militarii japonezi au distrus o mare cantitate de documente, care ar fi putut duce la implicarea lor în procese de crime de război.Există destule dovezi care să demonstreze că Ministerul Japonez de Război a dat ordine pentru distrugerea documentelor care ar fi putut deveni incriminatoare.
Mărturisirile făcute de ofițeri japonezi, prin care aceștia recunoșteau că au luat parte la răpirea unor femei destinate sclaviei sexuale, sunt considerate puțin credibile de o parte a japonezilor.
Istoricii au căutrat dovezi clare privind implicarea armatei și marinei în constrângerea femeilor să practice prostituția, iar unii dintre ei au afirmat că au descoperit dovezi ale acestui comporatament. Astfel, Yoshiaki Yoshimi și Hirofumi Hayashi au descoperit în 2007 documente care ar dovedi implicarea armatei
