El a murit în locuinţa sa din Santa Monica „după o boală lungă” – a anunţat ziarul „Los Angeles Times”. Hayden s-a numărat printre cele şapte persoane acuzate de conspiraţie în legătură cu protestele împotriva războiului din Vietnam, în 1968, fiind ulterior achitat.
Tom Hayden a fost căsătorit cu actriţa Jane Fonda între 1973 şi 1990.