Măgureanu neagă implicarea sa în evenimentele din 13-15 iunie 1990, dar susţine că au existat agenţi ai Serviciului care au acţionat pe cont propriu: "Îmi pare rău s-o spun, SRI, care pe atunci abia se forma, a avut multe elemente necontrolabile. Nu că vreau acuma să pasez răspunderea, şi eu răspundeam de toate aceste lucruri, şi ca şef al instituţiei m-am dovedit atunci a nu fi în stare să previn. Dar să nu exagerăm totuşi proporţia. Au fost câţiva care, într-adevăr, au făcut-o, dar şi-au luat pedeapsa".