Consumul de alcool în timpul tratamentului cu antibiotice trebuie evitat, deoarece atât alcoolul cât şi medicamentele sunt metabolizate la nivel hepatic, ducând la suprasolicitarea ficatului. Sunt şi antibiotice care, în combinaţie cu alcoolul, îşi pierd eficacitatea sau formează în organism chiar compuşi toxici, caz în care consumul de alcool este interzis, potrivit CSID.
De asemenea, o altă asociere de evitat este cea a lactatelor cu antibioticele, chiar dacă este o practică des utilizată din convingerea că lactatele (în special produsele lactate obţinute prin fermentaţie, aşa cum sunt iaurtul, chefirul, sana) ajută la menţinerea florei intestinale. În cazul anumitor clase de antibiotice această asociere nu este recomandată, deoarece se formează compuşi care le reduc efectul efectul terapeutic.
Este cunoscut faptul că asocierea antibioticelor cu alte medicamente poate modifica eficienţa acestora. În cazul contraceptivelor, unele antibiotice pot produce o scădere a efectului de contracepţie, prin urmare se recomandă utilizarea unor metode contraceptive suplimentare pe durata tratamentului.