În realitate, este vorba despre un manuscris cifrat misterios, al cărui autor nu este cunoscut, la fel ca data apariției. Numeroşi cercetători şi criptografi au încercat zadarnic să descifreze misterioasa scriere, de-a lungul anilor.
Prima impresie, lăsată de imaginile din text, ar fi aceea că documentul este unul cu scop farmaceutic, servind cel mai probabil, ca manual, în medicina timpurie.
Nici varianta alchimiei nu este de lepădat, căci pentru mult timp s-a crezut că informațiile oferite în manuscris duc la transformarea metalelor în aur, sau la descoperirea Pietrei Filozofale.
Nici teoriile pseudoștiințifice nu au întârziat să apară, mulți pasionați de criptologie fiind convinși că manuscrisul Voynich este, nici mai mult, nici mai puțin, decât un manual cu instrucțiuni lăsat omenirii, de către o rasă extraterestră.